Seznam dostupných funkcí a výhod programu je obsáhlý. Nejsem z oboru, takže těm přednostem přiměřeně nerozumím, a následující překlad význačných vlastností může být místy úsměvný, jelikož jsem si s ním z toho důvodu nědělal zbytečné starosti, ale vypadá to určitě hezky. :-)
Hlavními jsou: zarovnání více sekvencí pomocí MUSCLE 3 a MUSCLE 4, vytváření HMM profilů a hledání založené na zdrojích HMMER 2 a HMMER 3, Návrh slabikářů PCR používající Primer 3, předpovídání odvozené proteinové skladby pomocí GOR IV a PSIPRED, fylogenetický rozbor pomocí Phylip, hledání omezujících enzymů a sloučení s REBASE, velice rychlý vyhledávač opakování, hledání činitele přepisu vázajících stránek pomocí SITECON, vyhledávač ORF, úplné provedení Smith-Watermanova algoritmu. A v jiném seznamu jsou obsaženy i další.
Až někdy v budoucnu vyjde další verze, měl by v ní být zařazen i překlad tohoto rozhraní do češtiny. A hlavně, abecední skupina programů se rozšířila o U, a zbývají tak do budoucna už jen písmena D, H, J, N, O, W, X, Y, čímž odkazuji i na tu skládačku na jednom snímku obrazovky s programem na stránkách projektu. :-)
